Jugó el Brasileirao durante 9 ediciones de manera consecutiva, entre las temporadas 1990 a 1998. El Bragantino participó en la Copa Conmebol de 1992, 1993 y 1996, alcanzando en esta última los cuartos de final. Su punto más alto a nivel internacional lo logró en la Copa Sudamericana 2021 al ser finalista. En marzo de 2019 se confirmó la compra del club por parte del Red Bull GmbH y su fusión con el proyecto de Red Bull Brasil, pasando a denominarse Red Bull Bragantino. De esta manera, el club se suma al Red Bull Salzburgo de Austria, el RB Leipzig de Alemania y el New York Red Bulls de Estados Unidos, clubes que también son propiedad de ese grupo.