En el fútbol, deporte en el que es más activo actualmente, el Náutico posee 24 títulos de campeón estatal, el primero en 1934 y el más reciente conquistado en 2022. Es tricampeón del Norte-Nordeste (1963 a 1965) y subcampeón de la Copa Brasil (1967), lo que le supuso una participación en la Copa Libertadores de América. Es el único club hexacampeón pernambucano, además de haber conquistado, en 2001, el título de campeón el año de su centenario, el único en su estado.